3.01: Orientacion
 La nouvelle saison s'ouvre sur Michael Scofield à Sona, une dangereuse prison du Panama où les dernières emeutes ont fait fuir toutes les autorités, laissant les prisonniers s'occuper eux-même de leur vies (et de leurs morts). Avec la menace qui plane toujpurs sur ceux qu'il aime, Michael doit trouver Whistler, un mystérieux détenu qui se cache dans les égouts de la prison, pour qu'il l'aide à s'échapper de la prison qui n'a pas d'issue. Pendant ce temps, Lincoln recherche toujours Sara et reçoit des nouvelles inquiétantes à propos de LJ.
3.02: Fire/Water
 Michael s'empresse de trouver le mystérieux Whistler avant Mahone; recherchant des indices en dehors de la prison, Lincoln rencotre un vieil ami et s'en fait un nouveau. T-Bag s'attire les bonne grâce de Luchero alors que les détenus menacent de se révolter à cause du manque d'eau.
3.03: Call Waiting
 Déterminé à parler à Sara, Michael a besion de l'aide de T-Bag pour se procurer le seul téléphone disponible de Sona: celui de Luchero. Lincoln se lance dans un sauvetage risqué; Whistler se confie à Michael alors que Mahone s'apprête à retombre dans de mauvaises habitudes. Quant à Bellick, il sa fait un ennemi en tentant de se remettre sur pied.
3.04: Good Fences
 Après l'echec de la tentative de secours de Sara et LJ, Lincoln reçoit une mise en garde le la Compagnie des plus choquante. Michael élabore un plan touchant au système d'electricité pour s'échapper de Sona, Mahone est hanté par la visite d'une vieille connaissance et T-Bag grimpe dans l'estime de Luchero alors que Bellick s'attire ses foudres.
3.05: Interference
 Un nouveau détenu arrive à Sona, gênant Whistler et attirant les suspicions de Michael. Lincoln organise une petite sortie en mer avec Sofia pendant que Susan lance un ultimatum quant à la daite de l'évasion. T-Bag joue avec le feu avec sa dernière conquête et Sucre tente de tirer bon parti de son nouveau travail dans la prison de Sona.
3.06: Photo Finish
 Lorsque qu'un prisonnier est retrouvé mort, Whistler devient le premier suspect et Michael doit prouver son innocence afin de sauver sa vie. Michael demande à Susan une preuve que Sara est toujours en vie, sous peine d'annuler l'évasion. Lincoln et Sofia se familiarisent avec les rituels matinaux des gardes pendant que Mahone reçoit une offre qui pourrait bien lui donner un ticket vers la liberté.
3.07: Vamonos
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Lincoln:
